美国Trikinetics果蝇运动监视器DAM2的数据分析

简介：

美国Trikinetics 是一家专注于生物行为监测设备的公司，其DAM（Drosophila Activity Monitor）监视器主要用于果蝇（Drosophila）活动监测，广泛应用于睡眠、昼夜节律及行为研究。

Trikinetics的DAM监视器凭借其高精度、模块化设计和易用性，成为果蝇行为研究的理想工具。

DAM的原始数据：

由于监控文件（Monitor***.txt ）是简单的制表符分隔（tab-delimited）文本文件，因此也可以输入到任何电子表格或数学应用程序，直接绘制图表（plotting）或进行分析（analysis）。

Monitor***.txt文本文件每行（row）有42列（column）,如上图所示。绿色框代表有效数据，

红色框代表monitor的编号，黄色框是数据类型（Ct, count，计数，果蝇阻断红外光束），褐色代表有光照（1代表白天，0代表黑夜），蓝色代表阻断红外线的次数。

睡眠分析：

果蝇的睡眠定义为持续 5 分钟或更长时间的不间断行为不活跃（活动计数为 0）。因此，任何大于或等于五个连续零的时段（bin的长度1min）都被视为睡眠事件（sleep bout）。

果蝇的睡眠指标如上图。

数据分析流程

DAM2的原始数据通过Trikinetics的DAMSystem3数据采集软件获得。原始数据可以通过各种软件进行作图和分析。Trikinetics的上提供了多种收费和免费的软件，各有优劣。包括：ShinyR-dam，PySolo，SCAMP，Rythmically，Counting macro，Rethomics，VANESSA，SleepMat，Phase... 溪拓科技提供部分软件的分析服务。